1．产生灭活酶耐药菌可产生多种多样灭活酶，改变药物的结构，使药物失去抗菌作用，灭活酶主要有2类。
(1)水解酶如肽酶，金黄色葡萄球菌对青霉素及头孢菌素耐药后，产生了裂解其结构中的β-内酰胺环的β-内酰胺酶。
(2)钝化酶如乙酰转移酶、核苷转移酶和磷酸转移酶等。
2．改变靶部位：抗菌药物对细菌的原始作用靶点，称为靶部位。
3．增加代谢拮抗物：磺胺药与金黄色葡萄球菌接触后，后者可使对氨基苯甲酸(PABA)的产量增加20～100倍，高浓度的PABA与磺胺药竞争二氢蝶酸合酶时占优势，从而使金黄色葡萄球菌产生抗药性。
4．改变通透性：细菌通过各种途径使药物不易透过细菌细胞外膜进入菌体，而对抗菌药物有天然屏障作用。
5．加强主动外排系统：大肠埃希菌、金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞菌、空肠弯曲杆菌等均有主动外排系统。
6．其他
(1)对氟喹诺酮类抗菌药物产生耐药的肠杆菌、假单胞菌等是由于拓扑异构酶Ⅱ的结构改变所致。
(2)对利福霉素类药物产生耐药的肠球菌、链球菌、肠杆菌、假单胞菌等是由于降低了RNA聚合酶的亲和力。
(3)耐红霉素的大肠埃希菌中都存在红霉素酯酶，其能酯解红霉素的大环内酯结构。
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