云南农业职业技术学院是2002年12月经云南省人民政府批准，由原云南省农业学校和云南省畜牧兽医合并组建而成。具有高等学历教育资格的公办全日制普通高等院校，面向全国招生。学院办学历史悠久，始建于清光绪三十年（公元1940年）的云南蚕桑学堂（昆明翠湖讲武堂旁），首开云南职业教育之先河。

光绪33年（公元1907年）与拟办的森林学堂合并为省会中等农业学堂，学校迁址贡院（今云南大学）。宣统3年（公元1911年）改名为省会中等农业学校。1931年改名为省立甲种农业学校。1923年将农业并入省立高级中学。1930年改称为省立第一农业学校。1934年改为省立昆华高级农业职业学校。1937年学校迁址大西门外文昌宫（现学院茭菱校区）。

学校从光绪30年（公元1940年）至1949年共招收学生73个班，其中：农科21个班、林科6个班、蚕桑科11个班、染织科2个班、女子蚕桑科8个班、农林蚕讲习科6个班、畜牧兽医科1个班，高中农科5个班、林科3个班、农业推广科1个班、乡村师范2个班。

1950年3月昆华农校由云南省人民政府接管，改名 为昆明农业技术学院。1954年农林科师生分出成立昆明林校。1956年水科师生分出成立昆明水校。为创办地州农校，1958年将动物饲养、专业师分到官渡区小哨，在此基础上成立云南省畜牧兽医学校。11月将植保、园艺、农学专业学生200多人、教工30多人下放到文山，成立文山农校；将植保、农学专业学生200多人，教职工近30人下放到临沧，成立临沧农校。1958年底昆明农业技术学院停办。1962年，省政府决定恢复并定名为云南省农业学校。1969年至1978年因“文革”停办十年。

1979年恢复办学，经过二十多年的改革开放，学校得到了蓬勃发展。1988年被农业部评为“校外三结合基地建设先进单位”，1991年被农业部评为“全国农业中专A等三级学校”，1993年被云南省人民政府认定为“省（部）级重点中专学校”，1994年被农业部评为“中等教育改革先进单位”，1999年被农业部列为“农业职业技术教育培训示范基地”，连续多年为昆明市人民政府评为“文明单位”。为云南省农业战线输送了一大批中等专业技术人才，复校后至2003年7月，共培养毕业生4810人，为云南的“三农”建设做出了重要的贡献。

云南省畜牧兽医学校是在云南省农业学校相关专业的基础上创建发展的。1958年4月，云南省农业学校的动物饲养专业、兽医专业的学生和相关老师，被调离到昆明市官渡区小哨花庄河畔，创建云南省畜牧兽医学校。全校师生自力更生、艰苦创校。1968年至1977年学校因“文革”停办十年。